南通轨道交通未来规划线路图（1，2，3 号线）共约151公里，未来南通轨道交通1号线将拆分和延长成新1号线和3号线，2号线将延长，三条地铁线总共连接南通西站，动物园站，南通站，南通东站，通州北站和海门北站（新机场站）共六座火车高铁站。
南通轨道交通新1号线约52公里，原南通轨道交通1号线由南通西站到友谊桥站段拆分成新1号线，沿人民中路向东延长至海门北站（新机场站），连接南通西站和海门北站（新机场站）。
南通轨道交通2号线延长后约45公里，向北延长到南通野生森林动物园，可能设有动物园站，向东延长至通州城区再到通州北站，连接动物园站，南通站，南通东站和通州北站。
南通轨道交通3号线约54公里，由原1号线的学田至振兴路拆分延长而来，连接天生港至江海村。
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